لم تعد خسائر الحرب في السودان مقتصرة على المدارس التي أُغلقت أو المباني التي تضررت. فالتعطل الطويل للتعليم يهدد انتظام الدراسة، وفرص الجلوس للامتحانات، وقدرة النظام التعليمي على الاحتفاظ بالمعلمين وإعادة دمج الطلاب بعد النزوح.
ومع هذه التعقيدات التي تواجه قطاع التعليم تشهد رسوم الدراسة بالنسبة لطلابِ المدارس الإبتدائية والمتوسطة والثانوية إرتفاعاً كبيراً خاصة مدارس التعليم الخاص والمدارس التي تعتمد اللغة الإنجليزية في التدريس وتترواح رسوم الدراسة مابين 700 ألف جنيهٍ و 2 مليون جنيهٍ للسنةِ الدراسية
وتشير تقارير منظمات تعليمية وإنسانية، إلى أن أكثر من ثمانية ملايين طفل لا يذهبون إلى المدرسة، وأن عدداً كبيراً من المدارس ما زال مغلقاً أو مستخدماً لأغراض أخرى، بينها إيواء النازحين. كما نقل مخاوف من أن يؤدي وجود مسارات امتحانات ومناهج منفصلة في مناطق سيطرة الأطراف المختلفة إلى تعميق الانقسام التعليمي.
و يرى مراقبون أن العودة إلى فتح المدارس وحدها لا تعني معالجة الأزمة؛ إذ تتطلب استعادة التعليم تأمين المباني، وتوفير المعلمين، وتسوية الأجور المتأخرة، وإعادة الطلاب الذين تشتتوا بين مناطق النزوح. كما تحتاج المناطق التي يصعب الوصول إليها إلى بدائل تعليمية مرنة، مع ضمان ألا يتحول تفاوت القدرة على الدفع أو الوصول إلى الإنترنت إلى عامل إضافي يحرم الأطفال من التعليم.